Este sitio está compuesto de dos visualizaciones interactivas.
En la izquierda, se muestra un
árbol filogenético que resume las relaciones evolutivas entre diferentes
linajes de SARS-CoV-2 (agrupar virus con genomas similares
es útil para detectar brotes relaciones en diferentes lugares; Rambaut
et al. 2020).
Puedes navegar entre diferentes linajes haciendo click en sus respectivas ramas.
Al seleccionar un linaje, se muestra una visulización de "beadplot" en el centro de la página.
Cada línea horizontal representa una o más muestras de SARS-CoV-2 con la misma secuencia genómica.
Líneas verticales a lo largo de dicha línea representa las fechas en las cuales estas variantes fueron colectadas.
Un árbol filogenético es un modelo que permite establecer relaciones entre diferentes
poblaciones que comparten un ancestro común.
La filogenia mostrada aquí (generada con
TreeTime v0.8.0) resume el ancestro común de los diferentes
linajes de SARS-CoV-2, que han sido
definidos agrupando virus de acuerdo a la similitud de sus genomas.
Sobre el árbol se encuentra una escala de tiempo con las
fechas.
El primer ancestro (la raíz) está dibujado a la izquierda, y los descendientes observados más recientemente
se encuentran a la derecha.
Las fechas del ancestro común fueron estimadas comparando los genomas asumiendo
una tasa constante de evolución.
Para cada linage dibujamos un rectángulo que resume el rango en el que las muestras fueron colectadas.
El rectángulo es además coloreado de acuerdo a la región geográfica en la cual las muestras fueron colectadas con mayor frequencia.
Para explorar las muestras al interior de un linage, haga click en la etiqueta (e.g., "B.4")
o en el rectángulo para obtener el "beadplot" asociado.
Los "beadplots" permiten visualizar las diferentes variantes of SARS-CoV-2 al interior de un
linage, dónde y cuándo
han sido colectados, y cómo se relacionan entre ellos.
Cada objeto en el "beadplot" contiene información adicional en los mensajes emergentes
(que se obtienen al pasar sobre el objeto con el mouse).
Cada segmento horizontal representa una variante – virus con
genomas idénticos
Las círculos (beads) dibujados a través de las líneas indican la fecha de colección de la variante.
Si no hay más círculos en la línea y ésta es gris, esto representa una variante que no ha sido muestreada:
dos o mas variantes colectadas descienden de una variante ancestral que no ha sido
directamente observada.
El área del círculo es proporcionl al número de veces que una variante
ha sido muestreada ese día.
Esto es relevante para epidemias que en las que el se toman muestras con mucha
frequencia, e.g., linage D.2 in Australia.
Los círculos son coloreados
con respecto a la región geográfica muestrada más comñun en las muestras.
Los líneas verticales conectan las variantes con sus
ancestros comunes.
Éstas relaciones son estimadas usando el método neighbor-joining implementado en
RapidNJ.
Los mensajes emergentes sobre cada línea vertical contienen reportes sobre la cantidad de diferencias genéticas (mutaciones)
entre el ancestro y su descendiente, esto es, "distancia genética".
Dado que la reconstrucción exacta de cuándo estas mutaciones ocurrieron es extremedamente complicada,
decidimos mapear cada línea a el momento en que dicha muestra fue colectada.
Dado que la cantidad de muestras de infecciones que se desea visualizar es abrumadora,
nuestro equipo ha construido una interfaz con la cual los y las usuarias pueden interactuar
usando las diferentes opciones de búsqueda que se encuentran en la parte superior de la página.
El campo de texto puede ser usado para encontrar muestras específicas usando el número de accessión de GISAD.
Esta utilidad cuenta además con una función de autocompletar para encontrar posibles muestras con
accesiones similares.
También es posible buscar muestras con fragmentos del código.
Por ejemplo, buscando por "Madaga" y presionando enter, se visualizará
el primer linaje que contenga una muestra de Madagascar.
Usando el botón "Anterior" se puede iterar a través del resultado de la búsqueda, y el botón
"Limpiar" resetea la interfaz.
Nos gustaría agradecer a GISAID Initiative y a todas las personas que han contribuído con sus datos,
i.e. Autores, laboratorios originarios responsables por la obtención de los especímenes, y
laboratorios que han generado las secuencias genéticas y la metadata en la cual se basa esta investigación
y que ha sido compartida a través de GISAID Initiative.
Elbe, S., and Buckland-Merrett, G. (2017)
Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health.
Global Challenges, 1:33-46.
DOI: 10.1002/gch2.1018
PMCID: 31565258
Nota: En caso de compartir los resultados de éstos análisis en tu manuscrito, asegúrate
de reconocer a los contribuidores, i.e. " Nos gustaría agradecer a GISAID Initiative y a todas
las personas que han contribuído con sus datos, i.e. Autores, laboratorios originarios
responsables por la obtención de los especímenes, y laboratorios que han generado las secuencias
genéticas y la metadata en la cual se basa esta investigación y que ha sido compartida
a través de GISAID Initiative."
Además, recuerda citar las siguientes referencias:
Shu, Y., McCauley, J. (2017) GISAID: From vision to reality. EuroSurveillance, 22(13)
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494
PMCID: PMC5388101
