Phylogénie temporelle   NWK  
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Diagramme en perle
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CoVizu

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Visualisation en temps réel de la variation génomique du SRAS-CoV-2 (hCoV-19).

Basé sur les données de

Passer la souris sur les accessions (EPI_ISL_#) pour afficher le laboratoire et d'autres informations.

CoVizu est un projet open source permettant de visualiser la diversité mondiale des génomes du SRAS-CoV-2, fournis par l'initiative GISAID.

Cette page web montre deux visualisations interatives de ces données. Sur la gauche, est affiché un arbre phylogénétique des relations évolutives entre les différentes lignées du SRAS-CoV-2. Chacune de ces lignées regroupe plusieurs milliers des génomes similaires, reliant les épidémies qui se produisent à différents endroits; Rambaut et al. 2020).

En cliquant sur une lignée on fait apparaître un «diagramme en perle» au centre de la page. Sur une même ligne horizontale sont reproupés les échantillons partageant le même génome. Les cercles représentent les dates auxquelles le variant a été échantillonné.

Pour plus d'aide, cliquez sur les 🔰 icônes.

Un arbre phylogénétique est un modèle montrant comment différentes populations ont evolué à partir de leurs ancêtres communs. L'arbre representé ici (génére avec TreeTime v0.8.0) résume l'évolution des différentes lignées de SRAS-CoV-2, qui sont pré-définies en regroupant les virus en fonction de la similarité de leurs génomes.

L'échelle temporelle est réprésentée en haut de l'arbre. L'ancêtre le plus ancien (racine) est sur la gauche, les descendants les plus récents sont sur la droite. On estime la date d'emergence en comparant les génomes et en supposant un taux d'evolution constant.

Pour chaque lignée on dessine un rectangle représentant l'intervalle de temps pendant lequel la lignée a été échantillonnée, coloré en fonction de la région dans laquelle elle a été le plus souvent observée. Cliquez dessus pour explorer les échantillons de chaque lignée et afficher un diagramme en perle.

On utilise un diagramme en perle pour visualiser les différents variants de SRAS-CoV-2 d'une même lignée, où et quand ils ont été échantillonnés, et comment ils sont liés les uns aux autres. Chaque objet dans le diagramme contient des informations supplémentaires visibles en passant avec la souris.

Chaque ligne horizontale représente un variant – des virus avec des génomes identiques. Sur une même ligne horizontale sont dessinées des perles qui indiquent quand le variant a été échantillonné. Quand deux ou plus de variants descendent d'un même variant qui n'a pas été directement observé, alors la ligne est grise et ne contient aucune perle ce qui indique un variant non-échantillonné.

La taille de la perle représente le nombre de fois que le variant a été observé à cette date. Regouper ainsi les échantillons indentiques (en séquence et en date) est nécessaire pour ce type d'épidemie rapide avec des centaines de milliers de séquences, e.g., la lignée D.2 en Australie. Les perles sont colorées en fonction de la région où les échantillons ont été le plus souvent observés.

Les lignes verticales représentent les relations d'ancestralité entre les différentes lignes horizontales (les variants). Les relations sont estimées via la methode neighbor-joining en utilisant RapidNJ. Pour chaque lien le champ "distance genomique" de l'info-bulle indique le nombre de différences (mutations) entre ancêtre et descendant. Puisqu'il est difficile de reconstruire la date exacte où ces mutations ont émergé, on a choisi d'utiliser la date où le premier échantillon a été observé.

Nous addressons nos remerciements à l'initiative GISAID ainsi qu'à tous ceux qui ont produit les données, les auteurs, les laboratoires qui ont collecté les échantillons des patients, et les laboratoires qui ont réalisé le séquençage, l'assemblage des génomes, les métadonnées, et qui ont partagé leurs données sur GISAID, nous permettant de réaliser cette visualisation.

Elbe, S., and Buckland-Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46.
DOI: 10.1002/gch2.1018   PMCID: 31565258

Note : si vous utilisez les résultats de ces analyses dans vos publications, assurez-vous de mentionner et remercier les auteurs des données : “We gratefully acknowledge all the Authors, the Originating laboratories responsible for obtaining the specimens, and the Submitting laboratories for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative, on which this research is based.”

Également, citez la référence suivante : Shu, Y., McCauley, J. (2017) GISAID: From vision to reality. EuroSurveillance, 22(13)
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494   PMCID: PMC5388101