时间尺度的种系发生树   NWK  
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CoVizu

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SARS-CoV-2(hCoV-19)基因组变异的近实时可视化

数据来源于 

将鼠标悬停在登记号(EPI_ISL_#)上可显示实验室和作者信息

CoVizu 开源项目 致力于可视化SARS-CoV-2基因组的全球多样性,该基因组由 GISAID倡议.

该网页提供了这些数据的两种交互式可视化方式. 在左边,显示的是 种系发生树 总结不同物种之间的进化关系 SARS-CoV-2 lineages ( 具有相似基因组的病毒分组,可用于关联不同地区的爆发; 朗巴特 等等 2020). 您可以通过单击相应的框来在不同的谱系之间进行导航.

选择谱系将在页面中心显示一个“珠图”可视化效果 每条水平线代表一个或多个共享相同基因组的SARS-CoV-2样本顺序. 沿线的珠子代表该变体的采样日期.

如需更多帮助,请点击 🔰按钮.

种系发生树是共同祖先如何将不同种群关联的模型. 这里显示的树 (由此生成 TreeTime v0.8.0) 总结了不同病毒的共同祖先 SARS-CoV-2 lineages, 它们是基于基因组相似性的预先定义的病毒分组.

时间刻度画在标有 日期. 最早的祖先(根)画在左边,最近观察到的后代画在右边. 我们通过比较采样的基因组和假设一个 a 恒定的进化速率 来估算共同祖先的日期.

对于每个谱系,我们绘制一个矩形以汇总样本收集日期的范围,并根据最常采样的地理区域为其着色. 要浏览一个谱系内的样本,请点击标签(e.g., "B.4")或矩形以检索关联的珠图.

我们使用珠图来可视化SARS-CoV-2的不同变体在 谱系中的采样时间,地点以及它们之间的相互关系. 珠图中的每个对象在工具提示中都有额外的信息(你可以用鼠标指针悬停在该对象上查看).

每个水平线代表一个变体 – 具有 相同 基因组的病毒. 我们沿着一条线画出珠子来表明该变体何时被取样.如果绳子上没有珠子,而且它是灰色的,则它是未采样的变体: 两个或多个采样的变体来自一个祖先变体,该祖先变体没有被直接观察到.

珠的面积与当天变体被采样的次数成比例. 这对于快速流行或密集采样的流行病很重要, 例如, 澳大利亚 D.2.谱系 珠子根据样本最常见的地理区域 着色

我们绘制垂直线段来连接变体和它们 共同的祖先. 这些关系是通过 近邻结合法RapidNJ 计算的. 每个边缘的工具提示报告祖先和后代之间的基因差异(突变)的数量为“基因组距离”.由于很难准确地重建这些突变发生的时间,我们只需将每一行映射到第一个样本收集的时间.

我们要感谢GISAID计划,并感谢所有数据提供者, 即作者、负责获取标本的原始实验室、提交生成基因序列和元数据并通过GISAID计划(本研究的基础)进行共享的实验室.

Elbe, S., and Buckland-Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46.
DOI: 10.1002/gch2.1018   PMCID: 31565258

使用这些分析的结果时,请确保您也致谢数据的贡献者,例如 - “We gratefully acknowledge all the Authors, the Originating laboratories responsible for obtaining the specimens, and the Submitting laboratories for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative, on which this research is based.”

另外,请引用以下参考资料: Shu, Y., McCauley, J. (2017) GISAID: From vision to reality. EuroSurveillance, 22(13)
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494   PMCID: PMC5388101